Morata ha sufrido la contradicción de ser un represaliado por la democracia. Detenido en 1990, cuando gobernaba Felipe González, por ser uno de los cabecillas del movimiento clandestino de guardias civiles que reclamaban algo tan elemental como el derecho de asociación que reconoce la Constitución, fue juzgado por sedición. Pese a salir absuelto, en 1993 se le abrió un expediente tras se detenido en plena entrevista con un periodista. Este "delito" y el hallazgo de "documentación sindical" en su casa serían los fundamentos de su expulsión del cuerpo en 1997, bajo el mandato de Aznar. Una sentencia del Tribunal de Derechos Humanos de Estrasburgo de 2006 obligó al Gobierno a reconocer un año después el derecho de asociación en la Guardia Civil.