El coste del mantenimiento y conservación del complejo de la Ciutat de les Arts i les Ciències es una de sus mayores cargas. Un aspecto de la infraestructura que ha puesto en más de un brete al arquitecto Santiago Calatrava, por problemas de goteras o inundaciones. La memoria de Cacsa explica, como "gestión relevante" de 2012, la tramitación "con el seguro de las distintas roturas de vidrio en la fachada sur del Museo de las Ciencias, valorada en aproximadamente 90.000 euros". El museo tiene una impresionante superficie acristalada formada por unas 4.000 piezas.

En el apartado de mantenimiento, la memoria también da cuenta de la realización de los estudios técnicos para evaluar el estado del revestimiento cerámico de la cáscara del Palau de les Arts, muy deteriorado, como ya ha informado este diario. Hasta octubre, probablemente, no estén los resultados.

Al margen de esto, los gastos del complejo han incluido un importe de casi 1,4 millones de euros de obras todavía pertenecientes al Ágora, que aún está pendiente del remate de una cubierta que, probablemente, nunca se realice. Las subsanaciones en este edificio que se realizaron en 2012 consistieron en finalización de las instalaciones; pruebas finales de funcionamiento de las instalaciones; regulación de apertura de puertas motorizadas; revisión de puertas peatonales y montaje de rejillas definitivas en el pavimiento del edificio.