Las sucesivas modificaciones de la Ley Puertos del Estado y de la Marina Mercante de 1992 otorgaron a la Generalitat Valenciana, al igual que otras autonomías, potestad de elegir al presidente „con el visto bueno del Ministerio de Fomento„ de la Autoridad Portuaria de Valencia (APV). El exmandatario del Consell Eduardo Zaplana apartó de un plumazo al ingeniero Fernando Huet como máximo mandatario del recinto del Grao, quien gobernó los muelles portuarios entre 1990 y 1995. Huet, tras la presión de los patronos para tomar el mando de la APV, fue sustituido por el empresario vitivinícola Juan Antonio Mompó, quien ejerció este cargo entre 1996 y 2000. Con todo, Rafael del Moral, el exdirector general del puerto durante varias décadas, supo maniobrar y acercarse al poder del Palau de la Generalitat para acceder a la presidencia de la APV entre 2000 y 2004.
En plena etapa de expansión comercial y ampliación de sus terminales, el puerto de Valencia conseguió convertirse en líder del Mediterráneo, Rafael Aznar „también ingeniero de Caminos, Canales y Puertos como Huet y Del Moral, a la sazón vicepresidente de la APV„ logró desplazar a Del Moral de la presidencia tras buscarse aliados en el Ministerio de Fomento y convencer a Francisco Camps, quien le nombró principal responsable del puerto en 2004. Y ahí sigue. En su afán por no ser menos que Cataluña y hacer gala de la denominada cláusula Camps, el otrora dirigente del Ejecutivo valenciano reclamó para los aeropuertos valencianos el mismo control que sobre los puertos, aunque no lo consiguió. Desde el cambio legislativo, el Consell designa a un tercio de los miembros del consejo de administración de la APV „donde ha colocado a dirigentes de conselleries y también de organizaciones empresariales„ mientras que otras entidades vinculadas con los negocios marítimos nombran otro tercio de dirigentes. Mientras tanto, la Administración General del Estado está en minoría en el máximo órgano de gobierno del puerto de Valencia. Con todo, Fomento tutela y supervisa la cuentas de la APV, por lo que la transferencia al Consell tampoco es total.
