La Junta de Gobierno de la FEMP es el órgano encargado de llevar a la práctica los acuerdos del Pleno y del Consejo Territorial. Está compuesta por el presidente, dos vicepresidentes, veintidós vocales y el presidente y el vicepresidente de la Comisión de Haciendas Locales de la FEMP, estos dos últimos con voz pero sin voto.
Corresponde a la Junta cumplir los acuerdos del Consejo Territorial y del Pleno, designar representantes en los organismos donde exista representación, o administrar el patrimonio de la FEMP.
