La Abogacía de la Generalitat, personada en la causa del metro en defensa de los intereses de Ferrocarrils de la Generalitat (FGV), se ha posicionado junto a las defensas de los tres imputados en la instrucción y solicitó a la Audiencia de Valencia que rechazara los recursos presentados por la Fiscalía y las víctimas del metro. Una actitud que no ha variado desde que se personaron en la causa, en julio de 2006. La Audiencia ha señalado en algunas de sus resoluciones que el Abogado de la Generalitat adopta posturas más propias de la defensa. De hecho, el letrado se reunió con los abogados de dos de los imputados, algo que nunca ha hecho con los de las víctimas. Tras el cambio de gobierno, la Abogacía de la Generalitat aún no ha clarificado públicamente su postura.
Al respecto, la Asociación de víctimas del metro 3 de julio (Avm3j) muestra su «perplejidad» por la postura que desde la reapertura de la causa mantiene la Abogacía de la Generalitat, «que coincide sistemáticamente con la postura de los acusados. Una coincidencia que nunca se ha producido ni con las acusaciones particulares, ni tan siquiera con las posturas defendidas por el Ministerio Fiscal».
De hecho, la Audiencia de Valencia ya consideró «conveniente que se aclare, en el caso en el que no estuviere determinado, si la Generalitat actúa como acusación o defensa, puesto que es imprescindible para valorar las pretensiones que realice». La sección segunda puso de manifiesto en un auto de septiembre de 2014 que «no consta expresamente cuál es la posición procesal de este recurrente [en alusión a la Generalitat]» aun que sí advirtió en un auto que «está actuando como defensa de los intereses de los posibles imputados, sin que conste qué interés o legitimación tiene para ello».
