El único acto de desagravio de entidad y magnitud que se ha hecho a la Virgen de los Desamparados de Valencia fue el segundo domingo de mayo de 1939, concluida la guerra civil, y consistió en una misa de campaña en la plaza frente al Ayuntamiento y una procesión vespertina de cuatro horas y media de duración.
El 29 de marzo de 1939, las tropas del general Franco entraban en Valencia. El batallón conocido por la Bandera Valenciana fue el primero que accedió a la ciudad y portaba una imagen de la Virgen de los Desamparados hecha por un escultor vasco ante la que celebraba Misa el arzobispo de Valencia Prudencio Melo y Alcalde en su refugio de Burgos durante la contienda.
El día 31, el padre Pepe Fernández Parada, gallego, conocido popularmente por el P. Comesaña por ser párroco de dicho pueblo, cura que estuvo en primera línea pegando tiros en los frentes más difíciles, celebró la primera Misa pública en la capital tras el largo conflicto en la plaza de Emilio Castelar, hoy del Ayuntamiento. En Teruel también fue el primer sacerdote en oficiar Misa en su Catedral, una vez tomada por los vencedores.
La imagen de la Virgen permaneció oculta en el Ayuntamiento toda la guerra por decisión del alcalde republicano José Cano Coloma, desde que fuera salvada del incendio y saqueo de la Real Capilla el 21 de julio de 1936. Cano, cuando los incontrolados asaltaron el templo, se personó en el lugar y ordenó a la Guardia Civil, que estaba contemplando pasivamente el espectáculo, entrara a caballo en la Basílica y desalojara a los incontrolados. Por la noche, en un camión de abastos, escoltada por Bomberos y Guardia Civil, la imagen fue llevada a la Casa Consistorial. Nadie quiso hacerse cargo de la imagen, y el alcalde ordenó fuera escondida dentro de ella. El templo de la Virgen fue convertido en cine de las Juventudes Socialistas Unificadas y la capilla del Cristo de la Coveta en un bar de alterne.
Abogado el alcalde, quiso que un notario alzara acta de la entrega y depósito de la imagen y sus joyas. La imagen primero estuvo en el Archivo Histórico Municipal entre el busto del rey don Jaime y la Real Senyera, luego para mayor seguridad fue emparedada. En el bombardeo del 26 de mayo de 1937, una bomba cayó sobre la escalera principal del Ayuntamiento, reventando un tabique y quedando al descubierto la Virgen, siendo tapada por una puerta que colocó un carpintero municipal. El 30 de agosto de 1938 llegó a la Corporación un telegrama del Ministerio de Hacienda y Economía que urgía saber su situación.
El segundo domingo, 14 de mayo del 39, en el tradicional día de su fiesta, se pensó en aprovechar para hacer un acto de desagravio a la imagen de la Virgen de los Desamparados, «después de 32 meses de supresión absoluta del culto católico, de la destrucción de las imágenes sagradas». Ya había sido restaurada de urgencia por el escultor José María Ponsoda, trabajo que retocaría años después Carmelo Vicent, al no gustar el rostro serio y áspero que quedó en primera instancia. La restauración se hizo dentro del propio Ayuntamiento.
Terminada ésta, el día 12 de mayo se instaló en el despacho del archivero un altar donde se colocó la Virgen y a sus lados las imágenes de san Vicente Ferrer y san Vicente Mártir, procedentes de la Catedral, salvadas en guerra. Muchos fueron los valencianos que acudieron a verla.
«A las diez aparecía la Virgen por el portal de la Casa de la Ciudad, y a los sones de la Marcha Real y con una nutrida salva de aplausos, vivas y muchas lágrimas, muchísimas, fue recibida su aparición, siendo llevada al altar de la plaza donde fue depositada? A las diez y media comenzó la Misa de Pontifical, celebrada por el Dr. Melo, cantándose por nutridos coros la Missa de Angelis. Luego las autoridades se situaron a la puerta del Ayuntamiento para presenciar el desfile de las fuerzas que habían acudido a tributar honores a la Virgen como Generalísima. Por la tarde hubo procesión, en medio de una lluvia incesante de pétalos de flores. En la calle Caballeros le cantaron dos veces saetas. Al término de la misma, la imagen fue repuesta en su camarín». «Fue un espectáculo inenarrable. Los que conducían el anda, ante las delirantes manifestaciones del pueblo, volvieron la Imagen hacia las dos bocacalles en que más inmensa era la concurrencia. Bandas de palomas y lluvias torrenciales de flor, unido esto al volteo de campanas del Miguelete y a los acordes de las músicas, juntamente con los vítores y aplausos de la multitud, todo ello constituía un cuadro muy emotivo y consolador para el alma valenciana», cuentan las crónicas.
