La central nuclear de Cofrentes ha sido la primera de España en obtener el certificado ambiental EMAS III (Eco- Management and Audit Scheme) sobre evaluación, gestión y mejora de manera continua de los efectos ambientales.

Según Iberdrola, en 1996 Cofrentes se convirtió en la primera central nuclear española en obtener la certificación ambiental en ISO-14001 y veinte años después también ha sido pionera en obtener la certificación EMAS III, lo cual evidencia «su máximo compromiso con los más exigentes estándares medioambientales».

EMAS III es un sistema comunitario de gestión y auditorías medioambientales que promueve la mejora del comportamiento ambiental de las organizaciones y cuyos requisitos se recogen en el Reglamento del Parlamento Europeo. La adhesión a EMAS III es voluntaria, y propone una sistemática para evaluar, gestionar y mejorar los efectos ambientales. Además de incluir y exigir el cumplimiento de todos los requisitos de la ISO 14001, EMAS III contiene otros adicionales más estrictos, motivo por el cual es símbolo de excelencia en la gestión ambiental.