El expresidente de las Corts Juan Cotino, imputado por el presunto amaño en los contratos de la cobertura audiovisual de la visita del Papa, participó en 2005 en un seminario de FAES, la fundación del PP que preside José María Aznar, de la que era un asíduo colaborador Enrique López, uno de los jueces de la Audiencia Nacional que debe juzgarlo por estos hechos. Ésta es una de las razones esgrimidas por el abogado de la Generalitat para recusar al magistrado Enrique López (nombrado ponente de la sentencia del juicio). También lo hace con Concepción Espejel (presidenta del tribunal que debería juzgar a Cotino).

La Generalitat, el PSPV-PSOE (que ejerce la acusación particular) y la Fiscalía Anticorrupción abonan los argumentos que ya han motivado que ambos magistrados hayan sido apartados del enjuiciamiento de otras dos piezas relacionadas con la trama Gürtel por su «proximidad al Partido Popular» y para garantizar la «apariencia de imparcialidad». En otros dos casos más está pendiente su recusación por los mismos argumentos.

La Abogacía de la Generalitat recuerda en su escrito todos los cargos institucionales y orgánicos que ha ostentado Juan Cotino tanto en la Generalitat como en el Gobierno central, donde fue director general de la Policía entre 1996 y 2002. «También fue vicesecretario general del PPCV hasta el 7 de mayo de 1996 y coordinador en noviembre de 2009». De ahí que su participación en «unos seminarios sobre terrorismo y seguridad junto al señor Enrique López, organizados por la fundación FAES en la que el señor López era un ponente habitual (participó en 68 actos de FAES), un seminario al que únicamente acudían cargos del Partido Popular (20) y magistrados o jueces (5)», sea exhibido como motivo de recusación por la Abogacía de la Generalitat. Por su parte, Anticorrupción recuerda en su escrito que los magistrados López y Espejel ya fueron apartados del tribunal que ha de enjuiciar las dos primeras piezas de la macrocausa de la trama Gürtel. Por tanto, alegan, «es imprescindible mantener un único criterio coherente de modo que la apariencia de imparcialidad de jueces y tribunales no se aprecie como algo tan voluble, inconstante y caprichoso que sólo dependa de que nos encontremos ante una u otra pieza separada».