Por otro lado, el futuro reglamento da otras claves sobre el funcionamiento de la entidad. Habrá un consejo de dirección para la toma de decisiones de especial relevancia cuya composición se regulará. Sólo se avanza que será paritario. Llinares tiene previsto que la agencia trabaje mucho el apartado de la prevención y prevé elaborar un plan y mapa de riesgos.
Además, tiene claro cuáles serán los asuntos prioritarios, allí donde la entidad pondrá la diana al tratarse de ámbitos más susceptibles de fraude o corrupción. A saber: la contratación pública, la adjudicación, la ejecución de contratos, las concesiones, las subvenciones y la ejecución de los proyectos financiados, el urbanismo, el medio ambiente y los procedimientos de selección, gestión y promoción del personal
