El uso de plaguicidas en la agricultura tiene un impacto directo sobre los ecosistemas, especialmente los hídricos, aunque con implicaciones también en la salud humana. La contaminación es muy rápida para las aguas superficiales y subterráneas si no se aplican las dosis y los productos adecuados. Todavía hoy se sigue detectando la presencia de DDT en aguas, plantas y fauna de la Albufera tras su prohibición en los años setenta. Pese a las controversias sobre la toxicidad frente a los beneficios del uso de algunas de estas sustancias, incluido el DDT en su aplicación contra la malaria, un reciente informe de la Organización Mundial de la Salud sostiene que la exposición continua a mezclas de bajas concentraciones de plaguicidas presentes en los alimentos, el agua y el aire está relacionado con el incremento de importantes daños a la salud y enfermedades.