Las relaciones financieras y societarias entre los grupos Aedifica y Bancaja acabaron provocando un quebranto de 57 millones de euros a BFA/Bankia, donde quedó absorbida la entidad valenciana a partir de junio de 2010. La citada cantidad está contenida en un informe elaborado por el Banco de España en julio de 2013 y remitido a Santiago Pedraz, juez instructor en la Audiencia Nacional del caso Banco de Valencia, controlado por Bancaja y que solía participar en las operaciones inmobiliarias de esta. El documento elevaba el agujero para Bankia a 1.717 millones por once operaciones desarrolladas por Bancaja Hábitat, entre ellas la citada.
Los inspectores del Banco de España que realizaron para el juez de la Audiencia Fernando Andreu, instructor de la causa por la salida a Bolsa de Bankia, el informe pericial que concluyó que la entidad maquilló sus cuentas antes de debutar en el mercado en julio de 2011, también se interesaron por Aedifica y sus problemáticas relaciones con la entidad financiera. El documento hace mención de una filial de este grupo „Residencial Náquera Golf„, participada por Bankia Hábitat en un 23,75 %. En febrero de 2011 Bancaja detectó «problemas con el urbanismo». Un año más tarde, Bankia presentaba «un saldo de préstamos con esa sociedad de 7,61 millones», de los cuales 6,96 eran impagados y calificados como deuda morosa y un millón como deuda normal. Un informe forensic de KPMG citado por los peritos puso de manifiesto que las ventas del grupo Aedifica bajaron un 36 % entre 2009 y 2010 y que cinco de sus filiales no realizaron ninguna venta en el último de esos años, entre ellas Residencial Náquera, que en 2009 tenía pérdidas que arrastraba desde 2008. Por tanto, esta firma «debía estar calificada como dudosa por razones distintas a la morosidad» al cierre de 2010 y «Bancaja Hábitat debería haber provisionado los citados compromisos dada la situación de deterioro de la compañía».
La consultora Herbert Smith Freehills analizó para Bankia en abril de 2013 las operaciones inmobiliarias de esta con Aedifica para determinar potenciales actuaciones judiciales. El texto apunta que pudieron cometerse diversos delitos, como el de estafa, apropiación indebida y administración desleal, pero advierte que la información disponible en aquel momento era insuficiente para llegar a conclusiones.
