La primera iglesia que tuvo Alzira fue la Santa María, tras la reconquista de Jaime I de Aragón. Estuvo enclavada junto a la fortaleza del río. Parte del terreno que ocupaba alberga hoy la Casa Cuartel de la Guardia Civil. Fue destruída en 1936, quedando solamente la torre campanario, que derribó en 1957 Benjama Ben Adeslam, un árabe nacido en Tanger que llegó a Alzira por aquellos años con un circo que se disolvió aquí y se convirtió en albañil. La torre no molestaba ni en sueños a la obra del cuartel. Otra pérdida de patrimonio en un siglo, el XX, demasiado destructor.
De estilo gótico en origen, sufrió la oleada de la vulgaridad reformista de la Era de la Ilustración y, bajo los absurdos mazacores de yeserías, mampuestos, hojarasca de escayola, doradas y detonantes policromías barrocas desaparecieron las bellas líneas góticas que todavía pueden apreciarse en el dibujo de Sanz Castellanos que acompaña a esta crónica.
La primitiva iglesia se supone alzada sobre una pequeña mezquita contigua a la muralla, hipótesis que avalaba la fábrica y estructura del campanario cuadrangular, que ofrecía la esbeltez y tracería habitual de los alminares. No debió ser la mezquita principal de Alzira, habida cuenta de su situación en la topografía urbana, su proximidad a la muralla y que no hayan sido localizados nunca en su entorno restos de cementerios, preceptivamente anejos a ellas, como lo fue de forma clara en la plaza del Sufragio, cementerio y casa de baños localizada en los bajos de l'Escola del Ratolí -desaparecida en 1947-. En esta plaza se alza la torre campanario de Santa Catalina, con huellas islámicas que evocan la presencia de la voz monótona de los almuédanos en la terraza superior que sujeta la espadaña.
La iglesia de Santa María, también popularmente conocida como la del Cristo de la Verge María, fue derribada totalmente al ser imposible su reconstrucción. Con algunas de sus piedras se alzó un pequeño monumento rememorativo en las inmediaciones de su emplazamiento y la veleta del campanario, de forja de hierro, del siglo XVIII, fue depositada en el Museo Municipal de Alzira.
Alzira ha albergado comunidades religiosas de madres escolapias, agustinas, hermanitas de ancianos desamparados y franciscanas, estas dos últimas existen aún en Alzira. La comunidad más antigua e importante fue la del convento de agustinos, cuyo templo y colegio ocuparon los escolapios, que tras la exclaustración en 1835 fue adjudicado al ayuntamiento. Los escolapios lo reedificaron por completo, resultando hermoso el patio del colegio y majestuosa la amplia escalera imperial. A mitad del siglo XX, el edificio fue ocupado por el Instituto de Enseñanza Media y Profesional Rey Don Jaime.
El primitivo convento de San Agustín fue fundado en 1277 por Jaime I de Aragón con frailes traídos del convento de Aguas Vivas. Después de este, en 1602, el patriarca Juan de Ribera, fundó el convento de capuchinos, llamado de La Encarnación, donde estuvo el Hospital Santa Lucía. El de Trinitarios de San Bernardo fue impulsado por los Jurados de la Villa, que también fundaron el convento de capuchinas en 1614 y de agustinas en 1536 (convento de Santa Lucía), más el de La Murta, de jerónimos.
Los Trinitarios de San Bernardo, estaban junto al lugar donde martirizaron a San Bernardo, María y Gracia, cerca de la Pileta del Martiri. Posteriormente, el convento se trasladó a la plaza de San Bernardo, cercano al mercado. Esta comunidad conservó las reliquias de los patronos hasta la exclaustración en que fueron trasladados a la parroquia de Santa Catalina. Otro convento, de los franciscanos, aparecía el pie de la Muntanyeta del Salvado en 1539. También tuvieron convento en Alzira las religiosas del Císter en 1274, con el título de Santa María Magdalena de Montpeller, fundado por privilegio del rey Jaime. Las Trinitarias Calzadas llegaron en 1558, y los jesuitas en 1646 y estuvieron después donde se ubicaban los juzgados, junto a la plaza de Cassasús.
En la cúspide de la Muntanyeta del Salvador se alzó la ermita bajo esta advocación, fabricándose después, al lado, mirando a Poniente, un hermoso santuario, donde se venera la Santísima Virgen de Lluch, que seguramente dependía del convento de franciscanos. Por el término de Alzira también existían algunos ermitorios: en el huerto de Sánchez de León, hoy de los Magraner; huerto del marqués, en la orilla de la carretera de Corbera, al lado del barranco de la Murta, y en el huerto de Bru, en les Valletes, junto a la carretera a Tavernes de la Valldigna.
