El Ministerio de Medio Ambiente subraya como impactos ambientales significativos en el Delta del Ebro la construcción "masiva" de infraestructuras hidráulicas que han provocado una reducción del 99% de los aportes sólidos que recibía el Delta a principios del pasado siglo. "Este déficit sedimentario ha frenado su crecimiento e inducido modificaciones en la dinámica litoral, generando una significativa regresión de la línea de costa y un hundimiento de la plana deltaica por falta de compensación de materiales. Además, el rio se ha convertido en una fuente de contaminación por la que llegan restos de pesticidas, fertilizantes , aguas residuales, etc. La propuesta inicial es conectar Columbretes y el Delta creando un reserva que abarque toda la influencia de la pluma deltaica, lo que supondría aumentar en todo caso la superficie protegida al menos hasta el lugar donde llega la influencia del la pluma deltaica, a 1.500 metros de profundidad.
Respecto a Columbretes, una de las principales amenazas detectadas es la pesca de arrastre, trasmallo y palangre que "habitualmente faena" en las aguas adyacentes al archipiélago y en las que produce severos impactos. También se denuncia un exceso de presión antrópica derivada de las embarcaciones de recreo.