El actual lago de la L'Albufera formó parte de una desembocadura natural del río Júcar, cuyos aportes hídricos, bien directamente, bien a través del regadío y del cultivo del arrozal, han sido determinantes en la configuración actual de la zona húmeda. Sin embargo, las sequías a partir de 1994, el aumento de las demandas sobre el agua del Júcar y la modernización de los regadíos en los últimos años, han reducido el porcentaje de aguas «caballeras» procedentes de los ríos Turia y Júcar, sobre todo, en favor de las aguas residuales depuradas.
Tal como se aprecia en el gráfico, los retornos del Júcar agua que llega al lago tras inundar el arrozal o como sobrante de las acequias de riego, en azul en el gráficoson cada vez menos relevantes, mientras crece el porcentaje de aguas depuradas.
Por otra parte, también el volumen de las aguas que llegan al lago a partir de 1994 es muy inferior a la serie anterior. El número de renovaciones las veces en las que teóricamente se podría vaciar y llenar la Albufera por completo sumando todos los aportes, independientemente de su procedencia, ha bajado también significativamente, con picos de hasta 22 renovaciones que se han reducido a la mitad en los últimos años.
Desde hace unos meses, el lago de la Albufera recibe agua de las depuradoras de Pinedo, Albufera Sur y Sueca tras ser sometidos a un proceso de depuración terciaria para reducir los nutrientes, especialmente el fósforo, por debajo de 0,1 miligramos por litro. A través de la Acequia de Favara, la depuradora de Quart-Benácher vierte también agua residual tratada al lago.
Pinedo, que años atrás generaba 120 hectómetros de aguas residuales ahora no supera los 90 hectómetros cúbicos anuales debería ser suficiente para mantener el lago en una situación aceptable si se mantienen los aportes naturales: lluvia y manantiales (ullals) más los reducidos retornos del Júcar.
Sin embargo, los expertos están convencidos de que las depuradoras, incluida la de Pinedo no solo no son la solución a los problemas hídricos de l'Albufera, sino una muralla que impide la regeneración del lago, que sigue siendo víctima de la contaminación provocada por los nutrientes. No obstante, sus caudales pueden ser suficientes para mantener la ficción de un lago prácticamente muerto si antes pasan por un proceso de «naturalización» como el que proporcional los llamados «filtros verdes».
El nuevo plan hidrológico del Júcar no contempla caudales «ecológicos» para la Albufera procedentes directamente del Júcar o el Turia, aunque contabiliza como tales los sobrantes de los arrozales, que llegan con una elevada carga de sales, incluidos nitratos y fósforo y que son, junto al agua de las depuradoras, responsables de la lenta recuperación de la zona húmeda.
