De 1418 es la primera noticia sobre la que fuera la primera capilla de la Verge Maria dels Hicnosens, patrona del Spital dels Folls, imagen pintada sobre una post de fusta. El edificio fue construido como un edificio más del conjunto hospitalario inmediatamente después de la primera nave levantada. La documentación del rico archivo de la Cofradía de la Virgen hace mención a que en dicho año se compró un ara para el altar de la capilla y una campana.
Dado el aumento de popularidad, en 1448 se construye una capilla en el exterior de la Catedral, en la calle Barchilla. La presidía la que fue la primera imagen de la virgen, tal y como se recoge en un documento que explica que es un retaule nou ab la ichmatge de la Verge Maria he ab lo Gesús al bras ab la creu al col he ichnocens als peus e dos angels.
Rodrigo Pertegás, el médico que historió la Virgen y su Cofradía, cuenta que cerraba la capilla «una verja verde cuyos barrotes terminaban en punta. Había fija una tabla con el sumario de indulgencias concedidas a los náufragos que allí se habían sepultado y la cruz verde del escudo de la cofradía». En el fossar de la capilla se enterraba a los náufragos que aparecían en las playas, uno de los cometidos de la Cofradía.
En 1493, el rey Fernando el Católico legaliza la Cofradía de la Virgen y la autoriza a instaurar una iglesia donde celebrar misa. En este documento real aparece por primera vez la advocación a la Virgen de los «Desamparados».
En 1555, el Cabildo de la Catedral, con motivo de obrar las terrazas que dan a la plaza de la Virgen, autorizó la ampliación de la capilla, y permitió ocupar la zona de la catedral entre la antigua capilla y la puerta de los Apóstoles.
En 1595, la talla de la Virgen era guardada en casa del Clavario, fue trasladada al Capitulet para su veneración pública, pasando el templo de ser casa social de la Cofradía a santuario de la Virgen, siendo ésta en realidad la primera capilla de veneración abierta en su modalidad de escultura, no pictórica como las anteriores, y aún hoy se conserva en la Basílica.
En 1632, el rey Felipe IV visitó Valencia y -dice Teobaldo Fajarnés- «se lamentó de que la sagrada Imagen estuviera en un sitio tan limitado», abogando por «la erección de una capilla para colocarla, darla por lo menos un sitio donde pudiera estimarse el aprecio que a todos merecía».
En 1652, se puso la primera piedra de las obras de la actual Real Capilla, que concluyeron en 1694. Convertida en Basílica, sigue resultando, como siempre, otra capilla pequeña más de las varias que ha tenido la Mare de Déu dels Desamparats a lo largo de sus seis siglos de vida entre nosotros.
