El desenvolupament de la legislació autonòmica en matèria de conservació d´espais naturals aconseguí que entorns privilegiats d´arreu del territori obtingueren una figura de protecció que barrà el pas, d´alguna manera, a la depredació urbanística. En el cas de les Illes Columbretes, la protecció arribà el 25 de gener de 1988 i tot i que no estava en perill en este entorn cap pressió urbanística, la declaració de Parc Natural sí que ha servit per a barrar algunes amenaçes, com les recents iniciatives per a explorar la presència d´hidrocarburs en el seu entorn.
En el decret de la declaració, l´administració valenciana destaca que «l´arxipèlag volcànic de les Illes Columbretes és un dels espais naturals més valuosos i significatius de la Comunitat Valenciana», així com en destaca quatre dels seus trets que donen peu a la declaració de l´entorn com a Parc Natural.
Interés geològic
L´origen volcànic de les illes i el fet de que estàn situades al marge de la plataforma continental posa en valor este indret, on es pot apreciar en la forma de l´Illa Grossa les restes de la caldera del volcà que formà les illes.
Ornitofauna
La declaració considera que l´ornitofauna de les illes «compta amb importants aus marines entre les quals destaquen, per l´interés científic, les que pertanyen a espècies en perill d´extinció en la mediterrània occidental, com és el falcó d´Eleonor o la gavina d´Audouin. En este sentit, cal destacar que els terrenys del Port de Castelló albergen a la segona colònia més important del Mediterrani d´esta espècie de gavina.
La fauna terrestre
La declaració destaca «notables fenòmens de subespeciació observats en els lacèrtids i altres grups faunístics», però tal vegada, la fauna terrestre més coneguda és aquella que li dóna nom a les illes. Es tracta principalment de serps i sargantanes, amb quatre espècies endèmiques de les Columbretes, tot i que el nom s´origina arran de la denominació dels primers navegants grecs i llatins, que les inclogueren a les seues cartes amb el nom d´Ophiusa o Columbraria.
Vegetació i flora
Destaca la consideració d´ambient insular de la vegetació i de la flora, de la que la declaració ja adverteix en 1988 de la seua degradació. Tot i això, la guia del parc en destaca a dia de hui els caps blancs de Columbretes (Lobularia maritima columbretensis) i l'alfals arbori (Medicago citrina) com a espècies endèmiques. La planta predominant és el salat o sosa fina (Suaeda vera) que cobreix majoritàriament l'illa Grossa.
D'altres destacables són la safanòria marina (Daucus gingidium), el fenoll marí (Crithmum maritimum), l'espí blanc o arç de tanques (Lycium intrincatum) i la bufera (Withania frutescens).
