Sobrecostes y retrasos en la ejecución de las obras, que no se penalizan, son dos de las objeciones que la Sindicatura de Cuentas realiza a las inversión en infraestructuras que han llevado a cabo las universidades públicas de la Comunitat Valenciana por lo que les recomienda que «eviten en los expedientes que se realicen molificaciones de los contratos adjudicados». En su informe correspondiente a 2010, no obstante, reitera que «no se han puesto de manifiesto incumplimientos relevantes» en la gestión de los fondos por parte de ninguna de las cinco instituciones académicas.

En la revisión de la contratación administrativa de la Universitat de València, la sindicatura selecciona para su fiscalización cinco pliegos de obras —en tres de las cuales detecta sobrecostes— que en ese momento salían a concurso o se estaban realizando: Remodelación de la Facultad de Medicina, que se incrementó un 43,46 por ciento más sobre lo acordado; construcción de la nueva Escuela de Magisterio y dependencias de la Facultad de Sociales; aulario en el campus de Tarongers, que superó un 34,2 % su presupuesto inicial; y la redacción del proyecto así como su posterior ampliación de la Facultad de Psicología, en varias fases, con un 20,7 % más.

En el expediente 21/04 de Remodelación y mantenimiento integral de la Facultad de Medicina, iniciada en 2004 y reinaugurada en enero de 2010 siendo todavía rector Francisco Tomás, la adjudicación con IVA fue por 30.970.452 euros pero concluyó por casi 60 millones, como en este acto reveló el entonces conseller de Educación, Alejandro Font de Mora.

El 43,46 por ciento más sobre el precio original del contrato «no debería haberse producido» recrimina el informe fiscalizador a la Universitat que le advierte de que «no debe utilizar la justificación de que han aparecido nuevas necesidades» para introducir mejoras que no formaban parte. En total, se realizaron dos modificaciones al expediente inicial.

Ante esta actuación, y las otras citadas que han supuesto elevados incrementos sobre lo presupuestado, el síndico recomienda a la Universitat que «ajuste los criterios que se utilizan» en los contratos, «evite que en la gestión de los expedientes de contratación se realicen modificaciones de los contratos adjudicados», que los criterios de selección de los adjudicatarios «sean claros y conocidos por todos los licitadores», que los contratos administrativos «se ejecuten en los plazos previstos» y que se concreten los criterios de valoración de las ofertas.

A la Universitat Politécnica de València le recomienda que apruebe «una fórmula para la obtención del criterio del precio que favorezca a aquellas proposiciones que resulten más económicas y no como sucede actualmente en los contratos de obras, que favorecen a las que más se aproximas a la media aritmética de la oferta».

También le propone que «procure que los contratos administrativos se ejecuten en los plazos previstos» especialmente cuando es un criterio determinante, recogido en las condiciones.