El papa Gregorio IX, que gobernó la Iglesia de 1227 a 1241, bendijo y otorgó Bula a la Cruzada de Jaime I para conquistar el Reino Moro de Valencia. Era un hombre aficionado a las Cruzadas contra el infiel y tenía en su palmarés el haber excomulgado al emperador Federico II por su tardanza en incorporarse a la guerra para rescatar Tierra Santa de manos no cristianas. En su curriculum vitae, el pontífice se anotó la creación de la Santa Inquisición.

En sentido estricto, las Cruzadas fueron un conjunto de expediciones, que comenzaron en el año 1095, con el fin de recuperar los Santos Lugares, Tierra Santa, que estaban en manos de los musulmanes, que impedían el acceso a ellos a los cristianos que deseaban visitarlos en peregrinación. Este concepto de Cruzada se trasladó luego a la península Ibérica para legitimar las guerras que pretendían conquistar para el cristianismo y Occidente los territorios ocupados por los musulmanes.

Ante este Pontífice envió embajadores Jaime I, en abril de 1237, en solicitud de Bula para entablar Cruzada que reportara privilegio y beneficios religiosos a los que se emplearen en la conquista para el mundo cristiano el territorio valenciano en manos de los moros, a lo que había sido obligado por su confesor como condición sine qua non para levantarle la pena de excomunión por haber detenido y encarcelado a Bernardo de Monteagudo electo por el Cabildo de la Seo de Zaragoza como Obispo de aquella ciudad, sede episcopal que quería para un amigo suyo y no quería fuese consagrado el otro designado. Jaime I no tenía ningún reparo en entrometerse en el ámbito eclesiástico, pues ya había cortado la lengua al Obispo de Gerona por decir de él cosas que para nada le gustaban.

Los embajadores no pudieron agilizar la tramitación de las Bulas, que, entre otras cosas, lograrían atraer a la causa soldados extra peninsulares, y Jaime I se lanzó en tromba sobre Valencia, levantando campamento frente a El Puig en junio de 1237. Al comienzo de 1238, llegaron las Bulas que declaraban Cruzada, como las de Tierra Santa, a manos del rey, y comenzó a preparar el fuerte del operativo y presentar batalla en lo que hoy es el territorio del norte de la ciudad de Valencia, que fue tomando pueblo a pueblo. La connotación de Cruzada hizo llegar hasta las inmediaciones de la ciudad a aragoneses, navarros, catalanes, italianos, franceses, ingleses, alemanes y húngaros, sobre todo.

Mientras tanto, el rey de Túnez llegaba con su Armada frente a las costas de Valencia, pero no se atrevió a desembarcar, al ver el fuerte despliegue de las tropas jaiminas rodeando la ciudad amurallada. El rey Zayyan quiso pactar con Jaime I al verse fuertemente rodeado de tropas. Antes había presentado batalla contra las tropas cristianas, ayudado por refuerzos que le habían llegado de Alzira y Xàtiva, la cual perdieron y provocó su desmoralización y el preludio de la gran derrota, rendición y capitulación de Valencia.

El asedio a Valencia duró cerca de medio año, en este tiempo Jaime I fue tomando por la razón o por la fuerza los pueblos del cinturón de Valencia, especialmente los situados al norte de la urbe para desactivar su cinturón defensivo. Paterna la logró sin emplear ninguna violencia, fue un pacto amistoso y comercial, un paseo militar, entre él y los moros que controlaban una floreciente industria cerámica.

La capitulación fue firmada el 29 de septiembre en el palacio de la Walaya según el cronista Ibn al Abar e inmediatamente fue alzada bandera, el Senyal del Rei en la torre de Ali Bufat, junto al hoy palacio del Temple, lo que, cuentan las crónicas, hizo descender del caballo a Jaime I, apostado junto al puente donde hoy está el de la Trinidad, y llorar. Es JaIme I quien en su Crónica de esta guerra, "LLibre dels Feyts", dice: "E nos fom en la rambla, entre'l reyal e la torre; e quan vim nostra senyera sus en la torre, descavalgam del caval, e endreçam ves orient, e ploram de nostres uyls e besam la terra, per la mercé que déus nos havia feyta."