La información más delicada y más valiosa sobre el accidente del metro, las lecturas de las cajas registradoras de eventos (o «cajas negras») y las del equipo FAP (frenado automático puntual) de los dos trenes implicados en el siniestro, estuvo controlada en todo momento por directivos de Ferrocarrils de la Generalitat Valenciana (FGV). Sólo un agente de la policía científica estuvo presente en los volcados de la información de cada una de las dos cajas negras implicadas en el siniestro, realizados el 4 de julio (a las 4.50 de la madrugada) y el 24 de julio (a las 11.39 horas) en la sede de FGV de Valencia Sud y sin presencia judicial.
De las lecturas del FAP aportadas al juzgado no se especifica en presencia de quién se hicieron. La lectura del FAP también es relevante y complementaria a la de las cajas negras ya que proporcionan la información recogida por las balizas de frenado instaladas en las vías para controlar la velocidad del tren.
La primera «caja negra» se leyó, como ha informado Levante-EMV, a las 4.50 horas del 4 de julio, por el usuario informático«Luis» y por insistencia de los directivos de FGV que, según la policía, llegaron a «discutir» con los agentes para leer la caja registradora de eventos esa misma noche. El «acta» de la lectura de la caja negra sólo la firman la ex gerente Marisa Gracia, Juan José Gimeno Barberá (director de auditoría y seguridad en la explotación), Luis Domingo Alepuz (jefe de talleres) y el técnico Juan R. Torres Escudero. El policía que presenció la intempestiva lectura de la caja registradora de eventos, con número de placa 87.924, se negó a firmar el acta, según declaró un compañero del agente en el juzgado la semana pasada. Se trataba de la prueba principal para conocer las circunstancias del accidente ya que esta caja negra pertenecía a la unidad de tren articulada (UTA) 3736, que fue la que descarriló y volcó, provocando la muerte a los 43 fallecidos en el accidente del 3 de julio de 2006. Sin embargo «durante la transferencia de datos, por cuestiones técnicas de estos aparatos, ha conllevado el borrado de los mismos», según explicó Alepuz a los agentes. La empresa fabricante de las cajas niega que los datos se extraigan al extraerlos. Un detalle que siete años después aseguraba haber olvidado, cuando compareció el jueves ante la jueza.
El FAP de la UTA 3736 también se leyó esa misma noche, a las 5.04 horas del 4 de julio y por el mismo usuario informático, identificado como «Luis», en el listado facilitado a la policía y al juzgado. El FAP y la caja registradora de eventos quedaron bajo custodia de FGV hasta que fueron a recogerlos dos policías de científica el 5 de julio.
Del otro tren implicado en el accidente, la UTA 3714 que circulaba en doble composición con la 3736 y que descarriló pero no volcó, no se realizó la lectura de la caja negra hasta el 24 de julio de 2006. En este caso estuvieron presentes tres directivos de la empresa (Domingo Alepuz, Gimeno Barberá y Noé Gutiérrez), además de un inspector de policía (el número 28.249) y representantes de los cuatro sindicatos de FGV: Roberto Navarro, Francisco Machado, José Victoria y Diego Trigo Verdú. El FAP de la UTA 3714 fue leído por el usuario «Olmos» el 8 de julio de 2006.
