El ministro de Asuntos Exteriores y de Cooperación, José Manuel García-Margallo, trabajó como asesor de una de las empresas vinculadas a la familia del presidente de las Corts, Juan Cotino, mientras que ocupaba escaño en el Parlamento Europeo. Así, lo ha confirmado el Gobierno central en una respuesta dirigida al diputado valenciano de Izquierda Unida en el Congreso, Ricardo Sixto, que se interesó por las vinculaciones empresariales entre el titular de Exteriores y la familia Cotino. Entre junio de 2006 y diciembre de 2007, época en la que García-Margallo era eurodiputado popular fue consejero de la firma Asedes Capital S.L., matriz del grupo Sedesa. La constructora, que también se dedicó al negocio de las residencias de la tercera edad, ha sido adjudicataria de varios contratos de la Generalitat, incluso en la etapa en la que Cotino era miembro del Ejecutivo de Francisco Camps. La constructora está siendo investigada en la causa que se instruye en el Tribunal Superior de Justicia de la Comunitat Valenciana sobre la presunta financiación irregular del PP. De hecho, el sobrino del presidente de las Corts aparece como imputado en este caso. Sedesa también aparece en los conocidos como papeles de Bárcenas, la contabilidad b del PP en la que presuntamente el extesorero apuntaba los pagos en negro. Una de las anotaciones hechas presuntamente por Bárcenas refleja que 11 de marzo de 2004 la constructora ingresó 200.000 euros en la cuenta del partido.
Según el Gobierno central, la labor de Margallo en la empresa Asedes Capital, SL se limitó a la de asesor internacional y, en concreto, «se circunscribió al proyecto de expansión internacional de la empresa». En la respuesta oficial se añade que el ministro hizo constar su actividad privada en su Declaración de la Renta, en su Declaración de Intereses del Parlamento Europeo y en el Registro Mercantil. Para el diputado de EU la confesión del Gobierno «muestra las vinculaciones entre la fracción de Cotino en el seno del PP valenciano y el ministro, y demuestra a las claras cómo, para la derecha valenciana, los negocios y la política han ido de la mano». El opinión del diputado la participación de Margallo en el consejo de administración de «la matriz de las empresas de los Cotino bordea la incompatibilidad, ya que Sedesa y otras empresas del grupo fueron adjudicatarias de concesiones públicas». La Ley Orgánica 5/1985, de 19 de junio, del Régimen Electoral General (Loreg) establece un régimen de incompatibilidad para los eurodiputados algo más laxo que el que compete a los diputados y senadores nacionales. Así, en principio se establece que los diputados del Parlamento Europeo ejercerán su cargo en régimen de dedicación exclusiva, si bien abre la puerta a actividades privadas con límites. La loreg les prohibe el desempeño de puestos que lleven anejas funciones de dirección, representación, asesoramiento o prestación de servicios en empresas arrendatarias o administradoras de monopolios, así como la participación superior al 10 por 100 en sociedades que tengan contratos de obras. El diputado de IU habló de que al menos está clara la incompatibilidad ética y recordó que Cotino, al que le une una estrecha relación política y personal con el ministro «fue el autor de una serie de modificaciones normativas que objetivamente produjeron un aumento significativo de los beneficios de las empresas Gerocentros del Mediterráneo S.L. y Centros Residenciales Savia, de las que era accionista Sedesa».
