Las presuntas irregularidades económicas ya detectadas en los inicios de la empresa pública habrían provocado que Javier García-Lliberós acabara desplazado y marginado en Ciegsa, donde aún permaneció hasta marzo de 2006. Aunque el sustituto de García-Lliberós fue, precisamente, el economista y político Máximo Caturla, detenido en la «Operación Taula» y a quien los investigadores ven como una pieza clave en la presunta financiación irregular del PP ya que se encargó de las finanzas de la empresa pública constructora de los colegios entre 2004 y 2007 y de las finanzas del Partido Popular de la provincia de Valencia durante ocho años.

García Lliberós y Caturla fueron las cabezas visibles de la novela de intrigas en la que se convirtió Ciegsa durante años debido a la guerra abierta entre zaplanistas y campsistas. El entonces marido de la consellera Alicia de Miguel, zaplanista declarada, cayó en desgracia con la llegada de Francisco Camps a la presidencia de la Generalitat en mayo de 2003.

Desde diciembre de 2003, tras decisiones del entonces conseller de Educación, Esteban González Pons, se prescindió, «por cuestiones técnicas internas», de técnicos de confianza del aún gerente de Ciegsa, García-Lliberós, a las que siguieron el despido de secretarias cercanas a García Lliberós y la colocación de «personas de confianza de Camps».

En los años posteriores Ciegsa continuaría escribiendo capítulos más propios de una novela negra como el incendio que se registró en un almacén de la empresa en Alaquàs o el asalto que sufrió la sede social. García-Lliberós permaneció en la empresa hasta marzo de 2006, aunque marginado y apartado por orden expresa del plenipotenciario Máximo Caturla, que asumió las riendas de la empresa y genero 91 millones en sobrecostes. La salida de García Lliberós de Ciegsa se produjo mediante un «acuerdo amistoso».