La investigación por los pagos irregulares en la concertada se inició tras la denuncia de la actual vicepresidenta Mónica Oltra y Compromís, cuando estaba en la oposición, ante la Fiscalía Anticorrupción, en julio de 2014. El Ministerio Público abrió diligencias de investigación penal y al detectar indicios de delito, presentó denuncia. El Juzgado de Instrucción 3 de Valencia abrió una investigación por los presuntos delitos de malversación de caudales públicos, falsedad documental y prevaricación. Las tres patas de esta investigación judicial indagan sobre el pago de salarios a liberados patronales, abono de horas de más de las estipuladas y retribución a docentes jubilados que no imparten clases de 2008 a 2014.
Un informe de la Intervención de la Generalitat advirtió sobre estas irregularidades. Detectó que en multitud de centros se abonaba por más horas de las estipuladas a los centros concertados. Si el concierto era de 120 horas, en realidad se acababa pagando por 150 horas, sin que la Conselleria de Educación pusieran pegas y pagara sin rechistar. Este descontrol pudo costar a las arcas públicas entre 2 y 3 millones de euros por curso escolar.
Intervención también alertó a Educación, en octubre de 2013, del «ineficiente sistema de control» de las nóminas del profesorado de la concertada que abona la conselleria mediante el pago delegado. «No es posible llevar a cabo un efectivo control que pueda comprobar que las horas que se pagan en nómina son horas lectivas efectivamente realizadas» debido a la «insuficiente» información que aportan los centros y a que ésta no se correspondía con la contenida en el sistema de información centralizado, Ítaca, en el que Educación controla los horarios y grupos asignados a cada docente de la enseñanza pública y concertada.
