Las agencias de nueva creación con la llegada del Consell del Botànic tienen un coste de al menos 192 millones de euros, según los datos que figuran en el presupuesto. Sin embargo, las aportaciones del Consell al conjunto del sector público descienden este año dentro del plan de reordenación puesto en marcha por lo que los aumentos del presupuesto que suponen las nuevas entidades, como la Agencia Valenciana de la Innovación, la Agencia de Prevención y Lucha contra el Fraude o la Agencia Valenciana de Seguridad y Respuesta a las Emergencias, se compensan con la eliminación de otras entidades, como por ejemplo la fundación Jaume II el Just, la del desarrollo y la innovación, la de cooperación o la de investigación agroalimentaria. Todas ellas se quedan sin presupuesto, un acta de defunción en toda regla. La agencia de prevención y lucha contra el fraude que dirige el abogado Joan Llinares y está adscrita a las Corts tendrá un presupuesto de 2,7 millones en 2018, mientras que la agencia de la Innovación a cargo de Andrés García Reche se lleva 28 millones de euros.

La agencia valenciana de Seguridad y respuesta a las Emergencias, que el Gobierno de Cristina Cifuentes en la Comunidad de Madrid también acaba de crear, cuenta con un presupuesto de 107 millones. A ello hay que sumar los 55 millones destinados a poner en marcha los nuevos medios públicos, un ente que se puede considerar también de nuevo creación. En conjunto, la aportación del Consell al sector público instrumental se reduce un 13,1% dentro del proceso de reordenación de la gestión de las empresas y las entidades públicas, siguiendo así en la línea del año anterior, donde ya se registró una reducción del 33%, según fuentes del Consell.

Sin embargo, el presupuesto de ese sector público, que recibe fondos por otras vías, aumenta en su conjunto. La dotación de las 44 empresas públicas crece en 136 millones, un 5,9% más hasta alcanzar los 2.430 millones. Los recursos de estas entidades suponen un 11% sobre el total del presupuesto consolidado del Consell.