La Junta de Desagüe de l'Albufera se constituyó en 1926, con el fin de manejar las compuertas y motobombas de forma que el nivel de los campos y laguna fuera el adecuado para realizar el cultivo del arroz. Durante los primeros años, los aportes de agua al lago y su marjal eran tan abundantes que la gestión realizada no generó ningún conflicto. Cuando había que desaguar rápidamente, con cerrar compuertas el nivel se recuperaba rápidamente y la mayor parte del año estas podían permanecer abiertas de forma que el pescado entraba, con una renovación constante del agua. Con el paso de los años, la progresiva reducción de aportes del Júcar derivó en una colisión de intereses, obligando a una gestión de las compuertas más eficiente, orientada a mantener el máximo flujo posible a la vez que los niveles más adecuados según la situación del cultivo del arrozal. La excesiva bajada del nivel del agua en algunos periodos del año dificultaba notablemente la navegación, con el consiguiente perjuicio para los pescadores. La otra vertiente fue la de la excesiva salinidad en los suelos y la degradación de la vegetación, lo que acabó en 2016

en una denuncia ante la Fiscalía, que obligó a una regulación hídrica por parte de la Conselleria de Medio Ambiente.