Se formó como neurólogo en la que, desde entonces, ha sido su casa, el Hospital Universitario La Fe de València y ya desde el primer momento tuvo clara su área de interés: las enfermedades de motoneurona como la Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA) o la Atrofia muscular espinal (AME). A la innovación en este tipo de patologías y a desvelar los secretos que todavía presentan, está dedicando JuanFrancisco Vázquez Costa su trabajo, no solo el asistencial sino también el académico y el investigador. 

Formado en la Universitat de València, terminó la residencia enNeurología en LaFe hace apenas una década. Desde entonces se ha estado especializando en la atención e investigación de la ELA y en buscar biomarcadores genéticos que puedan dar la clave del porqué de esta dolencia fatal y adelantarse a su debut y progresión. De hecho, a la ELA dedicó su doctorado y en ella se está volcando en los diferentes grupos y proyectos de investigación que lleva adelante: ha participado en más de 20, en 12 de ellos como investigador principal. Es miembro del Grupo de Investigación enPatología Neuromuscular y Ataxias del Instituto de Investigación IIS La Fe, del centro de investigación biológica en red de enfermedades raras (CIBERER), de la red europea para la cura de la ELA (ENCALS y TRICALS) y del consejo socio-sanitario de la fundación que fundó el economista fallecido por ELA, Francisco Luzón. 

Además de los proyectos de investigación en la búsqueda de claves genéticas de la ELA y otras enfermedades de este tipo, Vázquez Costa coordina actualmente la unidad de enfermedades de motoneurona dentro de la unidad de enfermedades neuromusculares del Hospital La Fe, gracias a un contrato de excelencia Juan Rodés del Instituto de Salud Carlos III.Precisamente gracias a este contrato,Vázquez Costa están llevando a cabo un proyecto de innovación con sus pacientes centrado en el estudio de las bases genéticas de la ELA y la AME, en la búsqueda de biomarcadores y nuevos tratamientos pero también en un aspecto muy necesario en una dolencia especialmente dramática: desarrollar nuevos modelos asistenciales en la relación médico-pacientes y de bioética asistencial, incluida la planificación anticipada de asistencia médica.