La trascendencia de Cubells en el Valencia seguiría presente como empleado del club, como se aprecia en el estallido de la guerra civil, en 1936. La entidad queda incautada por el personal de acomodadores del campo de Mestalla, afecto a la UGT, que dio paso a una junta gestora formada por jugadores, socios y empleados bajo la presidencia de Josep Rodríguez Tortajada. El jugador Carlos Iturraspe ejerce como vocal, mientras que Cubells, junto con los dirigentes Andrés Balsa y Luis Colina, forman la comisión deportiva. Se logra, por encima de todo, que el club mantenga su independencia ante las injerencias externas y se logra cierta normalidad en su funcionamiento deportivo. El Valencia, como los teatros y cabarets, hace con su actividad más llevadero el drama de la población civil. Cubells participa en las jornadas de Confraternización Antifascista en Barcelona organizadas por Rodríguez Tortajada, el 17 y 18 de octubre de 1936, como entrenador de una selección valenciana integrada por jugadores del club de Mestalla, del Gimnástico y del Levante FC, que se mide a la catalana en Les Corts.

Una vez finalizada la contienda, Cubells se convierte en el asesor deportivo del nuevo presidente, Luis Casanova, y se erige, junto a la visión panorámica que Colina tenía por su experiencia, en el arquitecto del mejor Valencia de la historia, el de los años 40. El equipo de la «delantera eléctrica», el de Eizaguirre, Pasieguito y Puchades. Como entrenador guía al Valencia a su segundo campeonato de Liga, en la 43/44. El conjunto blanco solventa el alirón con una media que roza los tres goles por partido.

Cubells llega a ser hasta vicepresidente y sobre él delega Casanova el timón absoluto de la planificación de cada plantilla. Una relación que sigue hasta el año 1959, con la dimisión, con pocos días de diferencia, de ambos. El desgaste de una larga gestión, especialmente dura en los últimos años por la reconstrucción de un Mestalla arrasado por la riada de 1957, pasan factura. Pocos meses antes de aquel desastre, Cubells realiza su último gran servicio al club. La afición, sedienta de ídolos tras la marcha de Wilkes y melancólica de los éxitos de la posguerra, exige estrellas. Cubells viaja a Río de Janeiro con el objetivo de fichar a Walter y Didi. Pero se le informa de la posibilidad de firmar a un joven de 17 años, del Santos, llamado Edson Arantes do Nascimento y apodado como Pelé, que en pocos años se convertiría en el mejor futbolista del mundo. Un ofrecimiento alimentado por la leyenda. Cubells medita el alto riesgo de presentarse en Valencia con un chaval desconocido y finalmente llegó Walter, como apuesta segura.