El informe de fiscalización del Tribunal de Cuentas sobre la actividad de la Autoridad Portuaria de Valencia también constata que la disminución de las aportaciones de la APV al sostenimiento económico de fundaciones experimentada en 2009 -cuando ya se notaban de lleno los efectos de la crisis económica- "no puede afirmarse que la tendencia de estos gastos haya sido decreciente tal como correspondería a una etapa de austeridad".
La APV desembolsó 8,94 millones de euros entre 2008 y 2009 por aportaciones a fundaciones como patrono, otras aportaciones a fundaciones y asociaciones y las colaboraciones con el entorno portuario. Algunas de estas organizaciones sin ánimo de lucro están participadas por directivos y empleados de la Autoridad Portuaria de Valencia. La Fundación Valenciaport -dedicada a la formación, investigación y cooperación- es la que obtiene mayores recursos de la APV (unos dos millones de euros anuales).
El Tribunal de Cuentas destaca las aportaciones de 240.000, 120.000 y 118.000 euros, respectivamente, entre los años 2008 y 2010 aunque "no guarda relación alguna con la actividad portuaria". Entre otras aportaciones, también existen dispendios con la Fundación de Estudios Avanzados (43.000 euros en el año 2010), así como con la Fundación Marca Garantía (118.000 euros). A la Fundación Comunitat Valenciana Región Europea -controlada por la Generalitat- aportó 61.000 euros anuales.
Tanto los informes de Tribunal de Cuentas como las últimas auditorías de la Intervención General de la Administración del Estado vienen detectando el excesivo nivel de gastos en algunas partidas de la cuenta de explotación de la APV. La Fiscalía ha presentado una denuncia ante el juzgado de Instrucción número 14 de Valencia por posible malversación y prevaricación de tres directivos -entre los que que se encuentra el presidente de la APV, Rafael Aznar- y un trabajador del puerto de Valencia. El Ministerio Públicos denunció el cobro de sobresueldos y adjudicaciones.
