Más de 10,3 millones de hectáreas han sido declaradas en España Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA) en las últimas décadas. Y una superficie todavía superior, 12,6 millones de hectáreas, forma parte del extenso catálogo de Lugares de Interés Comunitario (LIC). Se trata sin duda de un gran avance para la protección de especies y ecosistemas valiosos cuya supervivencia estaría comprometida sin el amparo del ordenamiento europeo. Persisten sin embargo sombras en el desarrollo de esta gran red de protección derivadas de la ambigüedad de su aplicación. A veces, es un ejemplo, no queda claro si una actividad de notorio impacto visual y también ecológico como es la de parques eólicos, puede desarrollarse o no en estos entornos. Tampoco se ha avanzado mucho en la definición de políticas que primen el desarrollo económico de las poblaciones locales en armonía con el entorno.

Otro aspecto mejorable sería la interconexión entre estas zonas mediante los denominados corredores verdes. Cada vez es más notoria la necesidad de que todas las zonas protegidas estén interconectadas entre sí por pasillos viables y plenamente funcionales. De lo contrario se corre el riesgo de crear islas estancas, rodeadas a veces de infraestructuras infranqueables para la fauna y la flora. Un estudio realizado en la Comunitat Valenciana, donde el 37,4 % del espacio físico forma parte de la red Natura 2000, detectó la necesidad de hacer hasta 70 «corredores verdes» para poner en contacto todos los espacios naturales. Transcurrido un año desde que la Generalitat Valenciana hiciera suyo el estudio, no se ha hecho nada al respecto. Sin embargo, resulta perentorio unir entre ellas las neuronas de la vida, los islotes de la naturaleza. Lo contrario supondría siempre un empobrecimiento paulatino de la biodiversidad.