Cabildo de la Catedral y Ayuntamiento se enzarzaron -en el siglo XVIII- en un rifirrafe por la colocación del escudo heráldico de la ciudad de València en el altar mayor de la Basílica de la Virgen, al negarse la Iglesia y por el contrario empeñarse el Ayuntamiento por haber pagado la obra.
En 1758, un siglo después de concluida la Real Capilla, la Cofradía de la Virgen pidió al Ayuntamiento ayuda económica para costear un nuevo altar mayor en su Real Capilla. En principio, accedió a las esculturas y la talla. La Cofradía pagaría la mano de obra. No obstante, en 1763, el gobierno municipal acordó costear el dorado, condicionado este suplemento a que «para memoria, se fijase en él el escudo de la ciudad».
La intención de la Cofradía era embellecer más aún la Capilla de la Virgen, la cual había sido construida apenas un siglo antes. Para ello arrancaron un precioso retablo de madera dorada hecho por José Vergara, durante cinco años y medio, que acabaron vendiendo a la iglesia de Xilxes, pueblo del que era natural uno de los clérigos que servían el templo.
El ayuntamiento puso como condición que en el altar figurase el escudo de València. José Rodrigo Pertegás, historiador minucioso de la Cofradía, asegura que el deseo municipal hizo que el Cabildo de la Catedral estallara en cólera. «Esta condición provocó una desagradable cuestión con el Cabildo, que se opuso porque la Capilla era del Patronato real».
A pesar de que pagaba las obras y de que su reivindicación era lógica, que se hiciera constar el cuidado de la Ciudad por la Real Capilla, el Intendente paralizó las obras ante los desacuerdos. El ayuntamiento consideró que la decisión eclesiástica lesionaba los derechos de la Ciudad y elevó al Rey en 1764 un recurso de súplica para que el clero les dejara poner en el altar el escudo con la heráldica municipal. En 1765, el Rey, a través de la Cámara Real, resolvió el conflicto «disponiendo que a expensas de la Ciudad se colocaran en el nuevo altar el escudo Real a la derecha, y el de Valencia a la izquierda».
Comunicada la decisión real al Intendente y al Cabildo de la Catedral, el primero ordenó que continuaran las obras y los canónigos persistieron en su negativa a que «en lo superior del Retablo» se colocara el escudo de la Ciudad. Al final, a regañadientes, no tuvieron más remedio que cumplir con la orden real.
El altar fue hecho con «bruñidos mármoles del Reino y los principales elementos arquitectónicos de la Capilla», diseñados por Tomás Artigues, José Vergara y Luís Domingo, los tableros con mármol de Génova, y con variedad de mármoles de Alcublas, Náquera, Aspe, Villamarxant o Godella y las esculturas con mármol de Carrara. El pavimento de la Basílica es mármol negro de Génova, que por poco no fue colocado por lo que tardó en llegar, pero justo cuando correspondía a la obra llegó al puerto de València.
