La paraula «onanisme» deriva de «Onan», nom del segon fill de Judà. Segons es narra en la Bíblia, quan va morir el seu germà major, anomenat Er, son pare l'instà a casar-se amb la seua viuda i a donar-li descendència. Però, «cada vegada que tenia relacions amb la seua cunyada deixava caure el semen a terra» (Gènesi 38, 9). Cal situar esta pràctica en el context social de l'època, ja que, segons la llei judaica, els fills nascuts d'eixa relació serien considerats formalment fills del seu germà, i per tant tindrien prelació en la línia successòria sobre ell mateix.
Amb tot, el terme «onanisme» passà a usar-se en el segle XVIII amb un valor equivalent al de 'masturbació'. Este ús es deu fonamentalment a la influència del clergue anglés Balthazar Becker, qui en 1710 publicà «Onània»,« o l'atroç pecat de l'autopol·lució». Posteriorment, en 1758, el metge suís Samuel Auguste Tissot publicà «L'onanisme: tractat sobre els desordes que produïx la masturbació», que contribuí a consolidar definitivament el vocable «onanisme» en el sentit indicat.
