La cripta no ha sido el único objeto de estudio de los arqueólogos. La bóveda que preside el templo religioso esconde otra bóveda bajo de ella con unas características excepcionales, puesto que comparte grandes rasgos con el estilo gótico isabelino. Un tipo de arquitectura propia de la Corona de Castilla, de entre finales del siglo XV y XVI, y no del estilo gótico que germinó en el que fue Reino de Valencia, donde las bóvedas que se construían eran de estilo «estrella». Por ello, y puesto que todavía cuentan con varios meses de trabajo por delante, los arqueólogos han destacado que, en el caso de comprobar la procedencia de su construcción, se trataría de una bóveda gótica única en todo el territorio valenciano, similar a las de las catedrales de Segovia o Sevilla.
Por otra parte, la basílica ha sido sometida un proceso de estudio térmico mediante el cual se han localizado los puntos de humedad de la misma; de forma que se ha podido comprobar que tanto la falta de ventilación como el revestimiento y la pavimentación anteriores han supuesto un obstáculo para la óptima conservación del templo. «La iglesia tiene unos problemas a los que hay que dar solución», explica Joaqui García. Asimismo, José Ferrandis apuesta por compatibilizar el culto religioso con la «musealización» del templo antiguo. Pese a que las tareas de análisis post-excavación finalizarán en un periodo de varios meses, los resultados no verán la luz hasta dentro de un año. Una operación que pretende dar respuesta a la historia del templo y quizá a los orígenes de la localidad y contribuir a cerrar así la incógnita de la ubicación de la antigua alquería islámica.
