En 1885, el Papa León XIII concedió a la Virgen de los Desamparados el título de Patrona Canónica de Valencia. Hubo solemnes fiestas. El domingo 10 de mayo fue celebrada una misa de campaña en la Alameda, que ofició el capellán del Regimiento de Tetuán, presidiendo la formación el general Azcárraga con su Estado Mayor. La tropa presente, Regimientos de Infantería de Tetuán y Guadalajara, el de Vizcaya y el de Cazadores de Alba de Tormes y Segorbe, artillería de montaña y de plaza, y los Regimientos de Caballería y de Tiradores de Sesma, desfilaron posteriormente hasta la plaza de la Virgen, entonces llamada de la Catedral, donde estaba el capitán general.
Este operativo lo repetían todos los años en las jornadas festivas en honor de la patrona. El 12 de mayo de 1923, el arzobispo de Valencia, cardenal Reig, coronó la imagen de la Virgen de los Desamparados como Patrona de Valencia. Asistieron los Reyes de España. Regimientos militares acantonados en Valencia asistieron a la ceremonia. Las bandas de música militares ejecutaron la Marcha Real y los cañones de artillería dispararon las 21 salvas de honor. La escolta del Rey fue la encargada de escoltar a pie y a caballo la imagen de la Virgen.
El 21 de mayo de 1936, un escuadrón de caballería de la Guardia Civil, a órdenes del alcalde republicano José Cano Coloma, irrumpió en la capilla de la Virgen cuando estaba siendo incendiada y saqueada, y salvó la imagen de la Virgen de los Desamparados, llevándola al Ayuntamiento. Años más tarde, en el 150 aniversario de la Benemérita, se le entregó a la histórica talla la medalla conmemorativa.
El 29 de marzo de 1939, las tropas del general Franco entraron en Valencia, finalizando la Guerra Civil. Portaban consigo una imagen de la Virgen de los Desamparados, que había hecho un escultor vasco, y era ante la que el arzobispo de Valencia, monseñor Melo y Alcalde, refugiado en Burgos durante la guerra, había oficiado misa a diario. Las Fuerzas Armadas presentaron honores a la Virgen "como Generalísima".
El 14 de mayo de 1939, una vez restaurada la imagen de los desperfectos sufrido con ocasión de la guerra, fue celebrada una Misa en la hoy plaza del Ayuntamiento, siendo interpretada la Marcha Real. Asistieron compañías del Ejército.
En 1941, en la plaza de la Virgen, la imagen de la Patrona fue coronada por segunda vez, el domingo 11 de mayo, "a los sones de la Marcha Real" y con rendición de honores militares.
En mayo de 1947, el General Franco, aprovechando que inauguraba el pantano de Alarcón, se desplazó a Valencia, ofreciendo las insignias de Generalísima a la imagen de la Virgen de los Desamparados y ratificándola en su título de Generalísima, al haberse quedado sin las que tenía durante los sucesos del 36.
En 1961, el Papa Juan XXIII declaró a la Virgen María bajo el título de Nuestra Señora de los Desamparados, Patrona "de toda la región valenciana". Con tal motivo, días después, en la fragata Sarmiento de la Armada Española, la imagen de la Virgen fue llevada a Alicante, "con honores de capitán general".
En 1973, el capitán general Luís Gómez Hortigüela, con motivo del cincuentenario de la coronación de la Virgen, leyó la consagración de los tres ejércitos a la Virgen de los Desamparados. En el acto conmemorativo de la efeméride, frente al Palacio del Temple, se le rindió honores militares y la música de la División del Maestrazgo interpretó la Marcha Real y el Himno de la Coronación.
En 1992, con ocasión del V Centenario de la advocación Verge dels Desamparats, fue constituida una Comisión Especial que organizara diversos actos, en la que quedó integrado el capitán general de Valencia, Agustín López Quesada. Uno de los actos previstos fue el día de homenaje de las Fuerzas Armadas a la Virgen, visitando la imagen el edificio de Capitanía. Con ocasión de ello, a denuncias de un sargento que se negaba a estar en la formación por ser ello una cuestión religiosa, López Quesada se vio inmerso en un proceso judicial castrense en el que los tribunales no sopesaron bien las fuertes raíces de lo militar en la historia de la Virgen de los Desamparados.
