La imagen y advocación de la Virgen de los Desamparados fue utilizada por ambos bandos en llamada Guerra de Sucesión española, entre austracistas y absolutistas, al ser impetrada su ayuda por unos y siendo objeto de agradecimiento por otros en el conflicto bélico. Los vencedores borbónicos, esperaron además, al simbólico día de la fiesta de la Virgen , para tomar militarmente la ciudad.
En agosto de 1705, apareció frente a las costas de Denia y Altea una flota integrada por 170 buques de guerra pertenecientes a las Armadas de Inglaterra y Holanda, bajo las órdenes del Archiduque Carlos de Austria, quien dijo venía a librar el Reyno de Valencia de la tiranía de la monarquía francesa. Desembarcó en Denia y se autoproclamó rey de España con el nombre de Carlos III. Este hizo su entrada triunfal en Valencia el 10 de octubre de 1706 y al día siguiente acudió a la Capilla de la Virgen de los Desamparados a rezar y en la catedral se cantó un Te Deum en acción de gracias por su proclamación como rey.
El 12 de octubre, hubo procesión general con la imagen de la Virgen de los Desamparados que el Archiduque Rey presenció desde los balcones de del palacio de la Diputación de la Generalidad del Reino y al llegar la imagen al edificio, el Rey bajo y se unió al cortejo acompañando a la Virgen durante el resto del recorrido. En la confrontación de los austracistas y borbónicos, el clero bajo estaba con los primeros y el clero alto junto con los jesuitas estaban con los segundos, los absolutistas.
Cuando las tropas de Felipe V, tras la Batalla de Almansa, acechaban la ciudad, el Archiduque de Austria, antes de abandonarla, acudió de nuevo a la Capilla de la Virgen de los Desamparados a despedirse de ella, oyó Misa y besó su imagen.
Tras la victoria lograda en la Batalla de Almansa el 25 de abril de 1707, parte de las tropas españolas y extranjeras al servicio de Felipe V se dirigieron a Requena y camino a Valencia acamparon en Cheste. Eran “doze batallones, los diez españoles y dos franceses, y seis esquadrones de cavalleria de Pozoblanco y Cerezeda”.
Hasta aquí llegó una comisión de Diputados de Valencia para rendirla al Borbón y solicitar piedad y perdón con el fin de que los vencedores no causaran maltrato a la vecindad. Éstos fueron recibidos por “su alteza real de Orleans, a quien confesaron “con lágrima su error y engaño”, según la versión de la parte vencedora, por haber sido claramente partidarios del pretendiente austracista a la Corona de España.
Se envió soldados para hacerse cargo de la capital, “para poner cuerpos de guardia en toda la ciudad y sus puertas, a fin de evitar los desórdenes que en eta coyunturA podía sobrevenir”. Para entonces, los más aguerridos, significados y opositores al Borbón, viendo ya perdidas sus esperanzas y en clara minoría ante la coalición internacional borbónica abandonaron la ciudad y se dirigieron hacia el norte. Dos regimientos de infantería y uno de caballería fueron enviados desde aquí a La Ribera con la orden principal de construir puentes de barcas sobre el río Xúquer con el fin de tomar Alzira y todos los pueblos de la comarca.
Los partidarios del Borbón se creían asistidos por el favor de Dios, pues la Batalla de Almansa que ganaron aconteció en Pascua de Resurrección. Esta creencia quedó plasmada en los relatos de los vencedores, como el titulado “Relación del entrego de la ciudad de Valencia al dominio de su magestad, que Dios guarde, en el día 8 de mayo de 1707” apunta el detalle de que esta rendición ocurrió el día de la fiesta de la Virgen de los Desamparados. De aquellos días aciagos da buena cuenta el “Diario (1700-1715) de Josep Vicent Ortí i Major”, que ha analizado al detalle Vicent Josep Escartí.
“Con esta bonanza –cuenta el relator absolutista- amaneció el día de la Virgen Santísima de los Desamparados, domingo a ocho, serenando los ánimos, como divino iris, y manifestando con la tranquilidad y compostura de todo el pueblo la olvidada felicidad que, recobraba por medio de su poderoso amparo, y assi mismo, que atribuido a san Vicente Ferrer otra protección con algunas veleidades populares, y olbidado la que tiene el glorioso arcángel san MIguel en nuestra monarquía, en su octava y el día de la aparición havia de gozar Valencia tan señalados beneficios. Con lo que llegando aquella tarde las tropas, se hizo entrego de la ciudad, llenándola de júbilo las campanas, la artillería y voces repetidas de ¡Viva Phelipe Quinto!, tan gratas a los oídos de sus católicos y fieles vassallos, enterneciendo a todos la notable circunstancia de no oírse entre tantos millares de viva algún muera, manifestando assi Dios, con el aussilio de tan perfecta caridad, la verdad y entereza del dictamen que les profiere”
Hubo dos días después Te Deum en la catedral, que se ejecutó con mucho concurso de nobleza y pueblo y con afectuosas espressiones de gozo, en tantos como esperaban reconocer a Dios tan singulares beneficios”. Como la historia suelen contarla por lo general los vencedores, la cuentan a su gusto y conveniencia, porque lo que se sabe es que fue el general invasor Afsed el que ordenó se cantara un Te Deum en acción de gracias a Dios por la toma de la ciudad, acto al que se llevó la imagen de la Virgen de los Desamparados, y que se celebró a puerta cerrada por temor a cualquier reacción popular en contra de los opositores al Borbón, si le hacemos caso a José Martínez Aloy. Las crónicas de los vencedores mienten también en este caso, pues las represalias de los absolutistas fueron brutales y encarnizadas.
