La Batalla de Flores tienen una intrahistoria poco conocida: el reconocimiento médico a los caballos participantes en el festejo y el examen de los vehículos que debían arrastrar para constatar tanto que los equinos se encontraban en buen estado de salud como que no iban a ser sometidos a un esfuerzo excesivo, y menos al tratarse de una actividad llevada a cabo en plena ola de calor. Para ello, dos veterinarios, acompañados en cada caso por un Policía Local, fueron haciendo controles a los corceles en las horas previas al festejo.
El informe veterinario destaca que, efectivamente, uno de los caballos fue rechazado tras someterle a las tomas de constantes vitales. Fue sustituido por uno de los siete animales que formaban parte de la cuadra de reserva. Sirva el ejemplo: se trataba de una yegua ya veterana, de trece años, "en mal estado de carnesy con lso cascos muy desgastados", por lo que no era apta para llevar el landó al que estaba asignada.
Las labores de inspección se hicieron de forma aleatoria, pero llegaron a casi la mitad de los caballos participantes y se desarrollaron desde hasta el inicio del evento. En ese momento los equipos de trabajo estuvieron evaluando in situ el desempeño de los caballos en el proceso de arrancada y tiro de cada carroza y carruaje, "no observándose ninguna situación anómala de sobreesfuerzo de los animales ni de maltrato físico hacia ellos. De hecho, los caballos permanecieron tranquilos durante todo el recorrido así como en el momento de la “batalla” donde se lanzaron los clavelones, encontrándose de hecho protegidos de posibles traumatismos oculares por las correspondientes anteojeras".
La conclusión final fue que, contrariamente a otras actividades en eventos festivos, como el suprimido "tiro y arrastre" a caballo único en la procesión del Corpus, en este caso llevar tanto coches como carrozas no había supuesto un esfuerzo superior a lo que corresponde a estos animales de tiro.
Esta inspección estaba promovida desde la concejalía de Bienestar Animal, cuya titular, Gloria Tello, estuvo presente en la Batalla. "Se trata de cuidar de la salud de todos los animales que estan bajo recaudo del ayuntamiento y comprobar que todo está correcto en la salud de los caballos y si en algún caso no lo está, no se permitiría su participación. Además sirve para comprobar que no sufren ningún problema de maltrato, desnutrición o deficientes cuidados sanitarios”
