La construcción del templo fue muy criticada por los colectivos de recuperación de la memoria porque suponía el reconocimiento a los muertos de uno de los dos bandos de la Guerra Civil. El Arzobispado intenta siempre que puede distanciarse de la polémica e insiste en que el templo no está dedicado a los mártires de la guerra del 36 sino a todos los mártires de Valencia.
