José Manuel García Margallo ha protagonizado varios encontronazos en público con quienes fueron sus compañeros en el Gobierno de Mariano Rajoy. De sus últimas declaraciones en las que aseguraba que Sáenz de Santamaría era la vicepresidenta que más poder había tenido en España desde los tiempos de Godoy y que haría todo lo posible para que no fuera la lideresa del partido, se evidencia que no acabaron nada bien. Con Montoro también hubo discrepancias con respecto a la posición del Gobierno sobre Cataluña. Margallo ha sido una suerte de verso libre en el PP ya que no ha dudado en dar sus opiniones aunque fueran en contra del argumentario popular. Así, por ejemplo, suele defender una reforma constitucional para dar salida política al problema territorial de Cataluña y es crítico con su Gobierno por no haber sabido frenar el conflicto en su día. También criticó los últimos presupuestos del Estado.
