El italiano Franco Morbidelli devolvió a la Yamaha al primer plano al conseguir el mejor tiempo para la formación de salida del Gran Premio de la Comunidad Valenciana de MotoGP en el circuito «Ricardo Tormo» de Cheste por delante del australiano Jack Miller (Ducati Desmosedici GP20) y del japonés Takaaki Nakagami (Honda RC 213 V). El líder del mundial, Joan Mir (Suzuki GSX RR), se tuvo que conformar con la duodécima posición, lo que le hará salir desde la cuarta línea y obligado a remontar en un circuito en el que no resulta demasiado fácil adelantar.

Después de no lograr el pase a la segunda clasificación directa, Alex Rins (Suzuki GSX RR) uno de los rivales por el título de su compañero de equipo Joan Mir, decidió salir a los cuartos libres a dar el máximo posible y a la postre consiguió el mejor tiempo de esa sesión, mejorando incluso su mejor tiempo personal, que en los tercero libres fue de 1:30.956 que bajó en 61 milésimas hasta dejarlo en 1:30.895. El surafricano Brad Binder (KTM RC 16) fue el primero en establecer un tiempo de referencia en la primera clasificación, con amenaza nuevamente de lluvia y las bandera blancas con aspa roja ondeando en pista, secundado por el francés Fabio Quartararo (Yamaha YZR M 1), quizás el más necesitado de pasar a la siguiente clasificación para no dar demasiada ventaja a Mir en la carrera por el título.

Cuando se entraba en los diez últimos minutos, el español Alex Márquez (Repsol Honda RC 213 V) voló por los aires en la curva once como consecuencia de una recuperación súbita de la tracción en la rueda trasera de su moto («high side»), en la que se propinó un violento y fuerte golpe que le dejó por unos instantes tumbado en el suelo, aunque al final pudo abandonar la pista por su propio pie. Alex Márquez no se dejó amilanar por la situación y con valentía se subió a su segunda moto para intentar mejorar el noveno puesto que, por entonces, ocupaba muy atrás en la primera clasificación, pero no pudo conseguir su cometido, como tampoco Alex Rins, que acabó decimocuarto. Mientras Alex Márquez se marchó directamente a la clínica del circuito con molestias en una muñeca.