El nombre de Eduardo Zaplana apareció en 2017 relacionado con el caso Lezo, una operación contra la corrupción en el Canal de Isabel II. En esta pieza que actualmente se encuentra todavía en instrucción, la Guardia Civil investigaba los presuntos desvíos de fondos de dinero público del canal madrileño a cuentas de miembros del gobierno de la Comunidad de Madrid, en aquel momento liderada por Ignacio González.
La operación Lezo desveló cómo, supuestamente, Ignacio González lideró la corrupción que se produjo con la adquisición de empresas latinoamericanas por parte del Canal de Isabel II a un precio mayor al que establecía el mercado y se desviaban fondos a cuentas de miembros del gobierno popular en paraísos fiscales. En esta operación del Instituto Armado se descubrió que el Canal había costeado unos 360.000 euros de la campaña de imagen de Ignacio González, expresidente madrileño.
Entre los múltiples miembros del Partido Popular investigados en esta operación, apareció el nombre de Eduardo Zaplana. El que fue president de la Generalitat Valenciana, ministro de Trabajo y portavoz popular, pudo servir como intermediario para que RTVE fichase a Libertad Martínez, exdiputada de Izquierda Unida en la Asamblea de Madrid que actuaba como aliada del presidente madrileño. Según puede leerse en el auto del juez que instruye el caso, la misión de la exdiputada en el ente público era la de "defender" la imagen de González.
La Policía Judicial de la Guardia Civil considera que Zaplana era el intermediario puesto que en unas llamadas intervenidas, el expresident comenta con González que si el presidente de la radiotelevisión pública, José Antonio Sánchez, recibe llamadas en contra de Gónzalez desaprobaría su actitud.
Zaplana también tuvo que declarar como testigo en los juicios de la caja B del Partido Popular por el supuesto chantaje al presidente del Gobierno y del PP, Mariano Rajoy, con una grabación.
En en marco de esta operación se filtraron unas conversaciones entre González y el expresident, donde Zaplana aseveró que Rita Barberá era un "bluf absoluto".
