El incremento de secretarías autonómicas decidida por el Botànic II para encajar las piezas del tripartito no se correponde con el diseño de otros organigramas, por ejemplo el estatal. De hecho, si la comparación se hace con las secretarías de Estado (que son a los titulares del ministerio lo que las secretarías autonómicas a consellers y conselleres) se evidencia la desproporción.
El Gobierno en funciones de Pedro Sánchez cuenta con 17 ministerios y 26 secretarios de Estado. La Generalitat, con muchos menos miembros del Consell (doce), tendrá treinta secretarías autonómicas si se incluye la Abogacía de la Generalitat Valenciana. El incremento del segundo escalón, que se extenderá a direcciones generales y eventuales, tiene por objetivo dar entrada a Unides Podem sin que PSPV y Compromís pierdan cuota de cargos.
Sin embargo, internamente este diseño no convonce a algunos cargos, para quienes esta arquitectura no hará más ágil la Administración. Además, se considera desproporcionado que conselleries con presupuestos y competencias dispares tengan el mismo número de secretarías autonómicas.
En las filas de la izquierda (tanto en PSPV como en Compromís) hay voces que creen que el mensaje que se envía a la ciudadanía es negativo y que, además, se da munición a la oposición que insiste en la idea del «reparto de sillones» en el Botànic. La ampliación de cargos ha generado un debate interno, aunque las discrepancias no se han hecho públicamente.
