Juan Cotino acumuló muchísimo poder con los gobiernos del Partido Popular y su nombre ha estado vinculado a varios escándalos pese a que no figuró formalmente como imputado.
El caso Brugal fue uno de los primero sumarios en los que el apellido Cotino empezó a sonar. Este procedimiento sigue pendiente de sentencia e investiga irregularidades en la elaboración del Plan General de Alicante y en la adjudicación del servicio de basuras en Orihuela y Calp.
Estas diligencias sacaron a la luz que Alquería Dolores SL, empresa de la que Juan Cotino tenía el 60 % de participaciones, recibió una transferencia de un millón sin hacer constar su origen. Como administrador también aparecía su sobrino Vicente Cotino, salpicado por sus relaciones con el empresario alicantino Enrique Ortiz en la gestión de residencias.
El ex director general de la Policía siempre había negado tener negocio alguno con su sobrino, una circunstancia que este sumario dejó en entredicho tras la aparición de la empresa con cuenta en Banco Madrid.
Pero sin duda su gestión más cuestionada fue la de la tragedia del metro de València, en el que fallecieron 43 personas y otras 47 resultaron heridas. Los familiares le acusaron de haberles ofrecido trabajo a cambio de que renunciaran a la vía judicial. Durante sus tres años al frente del Parlamento valenciano, la oposición pidió su dimisión por las adjudicaciones de la Generalitat de plazas residenciales a una empresa de su familia o por supuestas irregularidades en las empresas públicas Emarsa y Vaersa bajo su gestión. Además, protagonizó otra polémica tras ser extorsionado por un hombre que le pidió un soborno millonario a cambio de no difundir un video íntimo.
