La desembocadura del viejo cauce del Turia, llamada a ser un gran parque urbano que conecte el Jardín del Turia con el frente marítimo de Valencia, es actualmente una cloaca donde se acumulan aguas fecales y vertidos de distinta procedencia y cuyos malos oloros sufren desde hace décadas los vecinos de Natzaret. La descontaminación y mejora ambiental del final del antiguo cauce es uno de los puntos a resolver dentro de la negociación entre el Ayuntamiento de Valencia y el Puerto para la reordenación de sus fronteras.
Además de la mejora ambiental de la desembocadura, el convenio de 1986 que ahora renegocian la APV y el ayuntamiento fijaba otras medidas para el barrio de Natzaret en compensación por la destrucción de su playa como la creación de zonas verdes y el alejamiento del tráfico portuario, que no se han ejecutado. Natzaret ha sido sin duda el barrio más castigado por la expansión del recinto comercial, que creció sobre su playa y luego sobre la huerta de la Punta.
El ayuntamiento exige en la revisión del PGOU ahora en támite que se mantengan los acuerdos para las zonas verdes del convenio, sin embargo, el puerto tiene nuevos planes para la franja de 183.000 m2 situados entre el puerto y Natzaret, donde se incluye la fábrica Moyresa, en proceso de desmantelamiento, y los terrenos de Benimar y el antiguo balneario Marazul, que se iban a destinar a espacios verdes y que ahora el puerto quiere ocupar parcialmente con nuevos viales, cinco rotondas y un puente elevado.
El puerto ya ha fijado posiciones en la delimitación de espacios portuarios (DEUP), donde define las nuevas fronteras del recinto y que ya ha sido aprobada por el Ministerio de Fomento. El ayuntamiento por su parte, quiere incorporar la nueva solución del borde urbano en la revisión del PGOU. En la tramitación de la DEUP se han tenido en cuenta las alegaciones del ayuntamiento para alejar del borde urbano los nuevos viales portuarios. De los 106 metros previstos inicialmente se pasa a los 117 metros. El puerto está elaborando ahora un estudio sobre el impacto acústico que tendrá este nuevo eje viario en el barrio. También a instancias del ayuntamiento se han suavizado los usos en la pastilla de suelo ubicada en el margen derecho de la desembocadura, que se destinará a usos de interacción puerto-ciudad.
La APV asegura que la contaminación del agua del tramo final del cauce, que desde su desvío del Turia dejó de ser competencia del organismo de cuenca, no es su responsabilidad porque son aguas urbanas. Cuando en 2005 se hizo el encauzamiento del último tramo de desembocadura „sobre el cual se construyó una rotonda y explanadas para contenedores„ los colectores de antiguas acequias que vertían al río se canalizaron hasta el mar. En esta intervención se repusieron también los desagües que recogen las aguas fecales de Natzaret y que se bombean hasta la desembocadura, donde se vierten sin depurar. A la contaminación de este tramo contribuye que a la desembocadura también acaban llegando por gravedad las aguas fecales de una parte de la ciudad pendientes de canalizar hasta la depuradora de Pinedo a través del colector de l'Assut de l'Or, aún por construir.
La construcción de una depuradora en este tramo podría aliviar los problemas de malos olores y contaminación que sufren los vecinos, si bien también produciría ruidos. El puerto, que con 600 millones de euros de deuda no quiere oir hablar de inversiones fuera de sus fronteras, cree que la solución es la construcción del colector.
La única medida que se ha tomado para aliviar la situación en los últimos años fue consecuencia de la F1, cuando se instalaron unas aspas en el agua para oxigenar el cauce, que dejaron de funcionar cuando se acabó el circo de las carreras.
En relación al riesgo de inundación de Natzaret como consecuencia del encauzamiento de la desembocadura, la APV asegura que el desagüe tiene una capacidad de evacuar de 285 m3 la hora, muy por encima de lo que se les exigió cuando se hizo, y asegura que el máximo riesgo de inundación por desbordamiento está río arriba en los tramos de compentencia municipal, en concreto a la mota existente entre el puente de Astilleros y la Ciudad de las Ciencias.
