El hospital de san Juan fue el primero que tuvo Valencia y fue construido para atender las tropas sanjuanistas que iban con Jaime I en las tareas de la reconquista del territorio en poder de los valencianos musulmanes. Junto a él, se alzó una capilla gótica, la iglesia de san Juan del Hospital. Con el tiempo, cerca de éste se abrió otro cementerio para el común de los mortales, porque lo de los entierros ha sido siempre un buen y seguro negocio que deja buenos dividendos y la demanda subía.
Al poco de la conquista jaimina, 1243, ya se andaban peleando los hospitalarios con el Cabildo de la Catedral por los derechos de enterramiento. Los canónigos no querían que los frailes sanjuanistas les quitaran los muertos y los entierros y entablaron pleito contra ellos. El obispo sentenció contra la Catedral y dijo que tenían derecho los de san Juan a enterrar libremente, sin cortapisas, a quienes solicitaran sepultura en su camposanto. No fue el único litigio, la vecina parroquia de santo Tomás estuvo largo tiempo incordiando por el mismo tema. La historia de la Iglesia en la ciudad de Valencia está llena de casos similares entre iglesias y parroquias.
No les fue bien económicamente a los sanjuanistas y se vieron obligados a cerrar el hospital que habían fundado, sólo se quedaron con la iglesia y los cementerios por los buenos ingresos. De uno de ellos hasta hoy nos ha llegado parte de las trazas de su arquitectura, unos arcos de piedra unidos «a modo de arquería», en origen románicos unos, gótico el otro.
Es el único cementerio, aunque inactivo, ahora recuperado para la contemplación, que queda dentro de la ciudad de Valencia, de los diversos existentes hasta el siglo XIX en que cada templo parroquial tenía el suyo propio y fueron cerrados obligándose a todos a acabar en el cementerio general de Valencia, inaugurado por el Consell de la Ciutat en 1400. Hasta esa fecha, no pudieron los munícipes hacer valer que era más sano e higiénico hacer un gran cementerio en las afueras de la urbe. Topaban con la Iglesia y sus derechos de enterramiento. Hoy los sigue manteniendo en el cementerio de Benimaclet, indudable saneadísima fuente de ingresos parroquial, y en muchos pueblos.
Nos cuenta el historiador Fernando Llorca que «al clausurarse el cementerio sanjuanista, acabó por convertirse todo su recinto en un huerto florido y espacioso, ampliación de los dos que ya había en aquel lugar, y entre los cuales se abría la puerta del callejón de las Penas. Limoneros y naranjos adornaban este apacible retiro».
Con el tiempo, el cementerio fue corral y cobijo de una imprenta. Durante la Guerra de la Independencia, un alto cargo policial afrancesado que moró en el cercano palacio de Valeriola se encaprichó del huerto de los frailes «de la Religión de san Juan de Jerusalén» y se apropió de él para su disfrute, cercenándolo mediante una tapia de la iglesia.
Dentro del impresionante templo gótico, que salvó de su destrucción el arzobispo Marcelino Olaechea, se enterró a ilustres personajes de la Orden Militar y Hospitalaria de san Juan de Jerusalén. Los maceros del Ayuntamiento de Valencia tenían el privilegio de ser enterrados en una de sus capillas. En la capilla de santa Bárbara se dio sepultura a doña Constanza, emperatriz de Grecia, la cual estaba pintada en un lienzo colgado de la pared vestida de labradora valenciana y arrodillada ante la santa. Su historia mereció que Gustavo Schlumberger, en 1897, viniera a Valencia y escribiera el libro «Le Tombeau d´une Imperatrice bizantine a Valence, en Spagne», que dedicó a la Duquesa de Alba, su protectora.
Nuestro Serrano Morales, quien ayudaría al francés en su trabajo, hizo el suyo propio, corregido y ampliado bajo el título «La Emperatriz de Nicea doña Constanza de Hohenstaufen sepultada en Valencia». La historia de esta mujer es larga, exiliada de Nicea por luchas intestinas fue acogida en Valencia por el infante Pedro de Aragón, hijo de Jaime I. Afectada de lepra curó aquí, por milagro de santa Bárbara. Las sucesivas vicisitudes sufridas por el templo, que ha llegado a ser hasta cine, han hecho quedar en casi nada la tumba y sus restos.
