La Autorización Ambiental Integrada incluye un apartado que regula la operación de "residuos no peligrosos" mediante la técnica de incineración. Se trata en concreto de los animales domésticos muertos, para los que se autoriza a la instalación del Emtre a tratar 275 toneladas anuales en una zona de la planta diseñada específicamente para esta función.

Por otra parte, una de las innovaciones de la nueva instalación es la técnica de evaporación de lixiviados - el residuo líquido que exuda la basura- mediante la utilización de biomasa como combustible. Teóricamente, la depuradora de aguas residuales ha sido diseñada para tratar también los lixiviados generados en el proceso, iniciando así un proceso que pretende aproximarse al vertido "cero".

Los líquidos serán depurados y "evaporados" después en una caldera que usará biomasa como único combustible autorizado. El resultado final de todo el proceso de secado es la obtención de un sólido que será enviado a vertedero autorizado.