Rufete no participó de la rueda de prensa conjunta de Amadeo Salvo y Layhoon Chan. Prefirió despedirse con una carta abierta al valencianismo, en el que agradeció la complicidad de sus colaboradores, Fabián Ayala y Joan Salvans, de los técnicos de la Academia, y el apoyo de Salvo. Pero sobre todo dio las gracias a la afición: «Sois los que hacéis grande a nuestro club, por los que hay que luchar cada día, pero sobre todo sois los que nos enseñáis cómo se quiere al Valencia y a su historia». Rufete deja como legado de su segunda etapa valencianista las bases de la transformación deportiva de la entidad. Una revolución en temporada y media cuyos resultados finales, damnificado por la fricción con Nuno Espirito Santo en la parcela deportiva, ya no podrá ver, a diferencia de los títulos que sí pudo saborear en su época como jugador de Mestalla.

El papel del de Benejúzar ha sido un juego de equilibrismo resumido en dos agitados mercados de fichajes. El 24 de noviembre de 2013 fue promocionado a Mánager General deportivo a los pocos meses de haber aterrizado en el club para modernizar la Academia. Su primer cometido fue renovar el espíritu de un vestuario con signos palpables de conformismo. Con el equipo estancado en tierra de nadie y una hinchada desencantada, avaló la llegada de Juan Antonio Pizzi, campeón argentino con San Lorenzo. Le siguió un vertiginoso final de mercado. En tiempo récord y calculando cada céntimo disponible, tejió una estrategia para resucitar el espíritu perdido. Descartó a piezas que no respondían a la talla exigible como Rami, Canales, Guardado y Banega, junto a los irrelevantes Pabón y Postiga. Llegaron Senderos, Keita, Vargas y Vinicius. Ninguno de ellos se quedaría pero, salvo en el caso del brasileño, todos contribuyeron „junto a jugadores reactivados como Parejo y Piatti„ a vivir un trepidante final que se culminó acariciando la final de la Liga Europa.

La tarea de desescombro allanaba el futuro, pero Rufete vio cómo le era arrancado Pizzi, por imposición del futuro propietario, para hacer hueco a Nuno Espirito Santo. Sin contar con la inversión de una venta del club que llegó a estar en el aire, junto a Ayala y Salvans fue reforzando el equipo con ingeniería financiera. De la venta de Mathieu, por ejemplo, llegaron Otamendi y Mustafi, y con malabares adaptó el resto de refuerzos junto a los fichajes anticipados por Lim, como André Gomes y Rodrigo.

Su autonomía quedaba tocada, pero no veía amenazado su futuro: «Mi lugar es el mismo. No tengo miedo. Lo importante es crecer. Cuando alguien decide que se marcha es porque te vas, no te quieren o te fichan. No vivo pensando en eso», declaraba el 8 de octubre en la Cope. La renovación por tres años de Nuno confirmaba la creciente influencia del técnico. Rufete salía ileso del primer pulso que lanzó Nuno en el mercado de invierno. La cohabitación empeoró hasta que estalló el polvorín final con el polémico fichaje, finalmente frustrado, de Caio.